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Phylogenetic tree 일반적으로 Phylogenetic tree는 생물 종 간의 계층적 구조를 볼 수 있는 한 방법으로, 종 사이의 진화적 관계를 나타내는 도표입니다. 유전자원 집단의 NGS data를 이용하여 SNP 마커를 확보하고, Phylogenetic tree 작성을 통해 유전자원 간의 유연관계를 시각적으로 확인할 수 있습니다. Read more

PCA Principal Components Analysis (PCA)는 유전적 구조를 탐지하고, 정량화하여 개체 간의 차이를 확인하는데 가장 많이 사용되는 방법입니다. PCA분석은 유전적 다양성을 이해하는데 활용될 수 있습니다. Read more

Structure Population structure는 인구 유전학에서 가장 많이 연구되었지만 이해되지 않은 영역을 갖고 있는 분야 중 하나입니다. Structure분석은 SNP 마커를 이용하여 유전적 구조를 분석합니다. 구분되는 Population을 추정하고, 개체를 Population에 할당하고, Hybrid 영역을 연구하고, 이동하는 개체(migrant) 및 혼합된 개체(admixed)를 식별하는 것을 포함합니다. Structure 분석은 유전적 다양성을 이해하는데 활용될 수 있습니다. Read more

DAPC(Discriminant Analysis of Principal Components)… Discriminant Analysis of Principal Components (DAPC)는 Principal components 데이터를 이용하여 유전적 구조를 탐지하고, 정량화하여 그룹(집단) 간의 다양성을 확인하는데 유용한 방법입니다. 그룹 내 다양성을 무시하면서 그룹 간 다양성에 초점을 두기 때문에 개체를 미리 정의된 그룹으로 구분하는데 가장 효과적입니다. DAPC분석은 유전적 다양성을 이해하는데 활용될 수 있습니다. Read more

Linkage Disequilibrium 유전자간의 거리가 가까워 독립적인 recombination의 형태를 보이지 않는 경우, 유전자가 기대치 이상으로 연관되어 나타나는데, 이를LD (Linkage Disequilibrium, 연결 불균형)라 합니다. LD는 유전자와 함께 움직이는 SNP 마커를 이용하여 Recombination을 계산한 후, 연관된 정도를 파악하고 유전자간 상대적인 거리를 예측하여 분석합니다. LD 분석을 바탕으로 Linkage dragging을 해결할 수 있고, 또한 특정 형질 유전자의 위치가 대략적으로 추정되면, 그 영역이 특정 형질 유전자의 발현에 실제 관여하는지를 실험으로 검증할 수 있습니다. Read more

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Population genomics