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Large genome annotation Plant genome annotation 분석은 식물 유전체에서 유전자의 구조적 정보를 예측하는 Gene modeling과 유전자의 기능을 규명하는 Functional annotation 분석을 말합니다. Gene modeling 방법은 크게 두 가지로 나눌 수 있는데 ab intio 방법과 homology-based 방법입니다. ab initio 방법은 Augustus, Fgenesh 등의 프로그램을 통해 수학적 알고리즘으로 유전자 모델을 트레이닝하고, 해당 결과로 유전자의 exon과 intron 영역 및 위치를 예측하는 방법입니다. 또한 Homology-based 방법은 BLAT과 같은 tool을 이용해 유전체에 어셈블리 서열을 alignment 하여 일정 기준 이상의 homology를 갖는 위치를 예측하고, align된 위치를 유전자의 유전체 내 위치로 예측하는 방법입니다. 이 두 방법의 결과를 잘 결합하여 사용한다면 정제된 유전체의 annotation… Read more

Microbe genome annotation Microbe genome annotation은 미생물 유전체에서 유전자의 구조적 정보를 예측하는 Gene modeling과 유전자의 기능을 규명하는 Functional annotation을 포함합니다. Gene modeling 방법은 크게 두 가지로 나눌 수 있는데 Ab intio 방법과 Homology-based 방법입니다. Ab initio 방법은 Augustus, Fgenesh 등의 프로그램을 통해 수학적 알고리즘으로 유전자 모델을 트레이닝하고, 해당 결과로 유전자의 Exon과 Intron 영역 및 위치를 예측하는 방법입니다. 또한 Homology-based 방법은 BLAT과 같은 Tool을 이용해 유전체에 어셈블리 서열을 Alignment 하여 일정 기준 이상의 Homology를 갖는 위치를 예측하고, Align된 위치를 유전자의 유전체 내 위치로 예측하는 방법입니다. 이 두 방법의 결과를 잘 결합하여 사용한다면 정제된 유전체의 Annotation… Read more

Organelle genome annotation(Chloroplast, Mitochondria) Complete genome 서열을 이용하여 BLAST 또는 BLAT 기반의 상동성 검색을 통해 annotation을 진행합니다. 단백질, tRNA, rRNA 코딩 유전자 등의 프로파일링을 통해 유전자 영역의 구조 예측 및 유전자의 기능을 규명하는 Functional annotation을 수행합니다. 결과는 GenBank 형식의 파일과 함께 시각적으로 볼 수 있는 Circular map을 제공합니다. Read more

Manual curation용 web browser Reference genome annotation 과정에서 완성도를 높이기 위해 manual curation 을 위한 web browser를 제공합니다. Transcriptome de novo assembly 결과 및 ab initio 등 다수의 tools 결과 를 genome 상에 boundary를 정하고 해당 부분의 RNAseq 의 short read mapping 결과 및 transcriptome translation 결과 등을 제공하여 직접 선택이 가능한 tools 을 web browser 형태로 제공합니다. Read more

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Genome assembly