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Microbe genome assembly Microbe-genome-assembly 를 위해 최근 PacBio 플랫폼에 의해 생산된 long-read 기반의 sequence data를 이용합니다. 저희 씨더스에서는 데이터의 정확도를 위한 Error collection을 위해 Illumina 플랫폼의 paired-end 등을 복합적으로 이용한 hybirid assembly 기술을 도입하고 Raw read등을 이용하여 검증 작업을 진행함으로 보다 정확한 genome assembly 결과를 제공합니다. 크기가 작은 bacteria 부터 microbe, fungi 에 이르기까지 다양한 생물종에 대한 genome assembly 를 직접 수행했습니다. 또한 다수의 assembly 수행의 결과 산물로 서비스가 가능한 웹 DB (genome browse) 까지 제작, 운영, 보수가 가능한 통합 웹 DB 구축이 가능합니다. Read more

Large genome assembly 식물, 동물, 조류 등의 진행생물의 genome 은 미생물 보다 genome size 와 반복서열의 비율이 커져서 보다 다양한 측면을 고려할 필요가 있습니다. 신규 유전체 완성을 위한 assembly 단계는 ① genome size 예측하고, ② contigs 형성과 ③ scaffolding 후에 ④ pseudomolecule 을 작성하는 과정을 진행합니다. 이러한 과정은 각 생물의 genome 이 가지는 특징과 활용목적에 따라 assembly 방식이나, 완성 정도는 협의를 통해 결정하여, 최상의 결과를 얻을 수 있습니다. Read more

Virus genome assembly 식물 RNA sequencing data를 이용하여 식물에서 유래하는 서열을 제거한 뒤에 RNA de novo assembly를 수행하여 새로운 종의 RNA바이러스 genome을 조립하고 알려진 데이터베이스를 통해 서열유사성을 확인합니다 Read more

Organelle genome assembly (Chloroplast, Mitochondria) Chloroplast 및 Mitochondria genome은 일반적으로 모계 유전되며, 보존 된 유전자 영역을 가지고 있습니다. 보존된 유전자 영역을 이용하여 식물 종의 계통 연구 및 식물 종을 식별하는데 많이 이용됩니다. Chloroplast 및 Mitochondria 게놈의 de novo assembly를 수행하여 하나의 Circular contig를 생성하는 것이 목표입니다. Nuclear genome으로부터 Chloroplast 및 Mitochondria 게놈을 분리하는 번거로움 없이 Whole genome sequencing data를 이용하여 de novo assembly 수행을 통해 genome서열을 작성합니다. Read more

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